Znanstvena i stručna djelatnost Instituta može se provoditi i kroz rad znanstveno istraživačkih centara čiji predmet, opseg i vrijeme djelovanja utvrđuje Znanstveno vijeće Instituta.

• Znanstveno-istraživački centar za diplomatsku povijest (ZICDP) – voditelj dr. sc. Hrvoje Čapo // u suradnji s Hrvatskim državnim arhivom i Ministarstvom vanjskih i europskih poslova RH
• Znanstveno-istraživački centar za povijest redovništva, voditelj: dr. sc. Rudolf Barišić // u surdanji s Franjevačkim samostanom u Tolisi (BiH)
• Hrvatsko-američki znanstveno-istraživački centar za predmodernu povijest, voditelj: dr. sc. Tomislav Matić
• Znanstveno-istraživački centar za povijest sporta, voditelj: dr. sc. Davor Kovačić // u suradnji s Hrvatskim športskim muzejom i Hrvatskom olimpijskom akademijiom