Znanstvena i stručna djelatnost Instituta može se provoditi i kroz rad znanstveno istraživačkih centara čiji predmet, opseg i vrijeme djelovanja utvrđuje Znanstveno vijeće Instituta. 

• Znanstveno-istraživački centar za diplomatsku povijest (ZICDP) – voditelj dr. sc. Hrvoje Čapo // u suradnji s Hrvatskim državnim arhivom i Ministarstvom vanjskih i europskih poslova RH