Palača je teško oštećena u potresu koji je pogodio Zagreb 1880. godine, a obitelj Vojkffy-Paravić iselila se. Kad je 1882. Kraljevska hrvatsko-slavonsko-dalmatinska zemaljska vlada prodala svoje neprofitabilno imanje u Kutjevu, od dijela novca koji je dobila za njega kupila je zgradu u Opatičkoj 10 i u nju smjestila Odjel za bogoštovlje i nastavu. Uskoro (1891.) na čelo Odjela dolazi Iso Kršnjavi i osniva Građevnu upravu za rekonstrukciju zgrade s Hermanom Bolléom kao voditeljem. Tako započinje cjelokupna rekonstrukcija zgrade, prema idejama Kršnjavoga i po nacrtima Bolléa, koja završava svečanim otvorenjem u svibnju 1895. izvedbom himne delfijskom Apolonu (koja je nedugo prije pronađena u Ateni, a treba napomenuti da je to bila četvrta izvedba uopće u Europi). 

Najprije se pristupilo adaptaciji dvorišta s ulične strane prema današnjoj Opatičkoj ulici: visoki zid koji je zatvarao pogled na dvorište zamijenjen je umjetnički izrađenom ogradom od kovanog željeza i limenih listića, a bunar je zamijenjen fontanom u kojoj je prema Kršnjavijevim zamislima trebao biti postavljen Perzejev kip. Većina izmjena ipak se odnosila na interijer koji je trebalo prilagoditi novoj funkciji i učiniti što reprezentativnijim. Uređene su dvorane, središnja dvorana dobila je novi drveni zrcalni svod, uklonjen je balkon na istočnom pročelju i poboljšana je komunikacija među etažama. U poslovima ukrašavanja palače angažirani su onodobni najznačajniji umjetnici Bela Csikos Sessija, Celestin Mato Medović, Vlaho Bukovac, Oton Iveković, Ferdo Kovačević, Ivan Tišov, Robert Frangeš i Rudolf Valdec. Integracijom arhitekture, kiparstva i slikarstva u historicističku sintezu zgrada predstavlja pravi Gesamtkunstwerk XIX. stoljeća. Ovim je projektom Kršnjavi ujedno označio vrhunac i kraj historicizma u Hrvatskoj. Sljedeća veća intervencija na palači bila je dogradnja drugog kata 1913./14. i proširenje bočnih krila. Tada se i urušio strop u Pompejanskoj dvorani pa su ga iznova oslikale Csikoseve učenice Marijana Belošević i Anka Martinić. 

U novim je okolnostima nakon ulaska Hrvatske u novu južnoslavensku državnu zajednicu dotadašnji Odjel za bogoštovlje i nastavu nastavio je djelovanje. No već 1919.  Odjel je preimenovan u Povjereništvo za prosvjetu i vjere. Naziv i teritorijalna nadležnost toga Odjeljenja mijenjali su se u sljedećim godinama, no ono je sve do uspostave Banovine Hrvatske godine 1939. bilo tek ispostava središnjeg ministarstva u Beogradu. S uspostavom Banovine Hrvatske osnovan je Odjel za prosvjetu, koji je preuzeo poslove dotadašnjeg beogradskog ministarstva na području nove banovine. Taj odjel nije bio dugoga vijeka, jer je uspostavom Nezavisne Države Hrvatske godine 1941. nova vlast ustrojila i odgovarajuće ministarstvo, koje se je u početku zvalo Ministarstvo nastave i vodio ga je ministar Mile Budak. Kasnije je preimenovano u Ministarstvo narodne prosvjete, čija nadležnost je proširena i na neka druga polja (primjerice na promidžbu). Nakon Ministarstva narodne prosvjete u zgradi svoj smještaj nalazi još jedna javna kulturna institucija – republički Konzervatorski zavod, a neposredno prije dolaska našeg Instituta prostore u zgradi dijele Arhiv za historiju radničkog pokreta i SUBNOR.

Godine 1962. u Opatičku 10 useljava se naš Institut koji od tada neprekinuto djeluje u ovoj zgradi, samo pod različitim imenima (vidjeti Povijest Instituta). Institut je tijekom 1970-ih i 1980-ih često morao dijeliti zgradu s drugim korisnicima: s redakcijama nekoliko listova, Centrom za društvenu djelatnost Saveza Socijalističke omladine Hrvatske te Samoupravnom interesnom zajednicom znanosti SR Hrvatske. U trenutku ulaska Instituta u ove prostorije zgrada je zahtijevala hitnu adaptaciju. Tuđman je u prvim godinama svog mandata uspio osigurati znatna financijska sredstva za rad Instituta pa su početkom šezdesetih godina obavljeni najneophodniji zahvati na instalacijama, nužni radi funkcionalnosti zgrade (centralno grijanje, poboljšanje niskonaponske mreže itd.). Tuđmanov pad u nemilost partijskog vrha odrazio se i na otežano financiranje Instituta. Zbog financijskih, a poslije i ratnih (ne)prilika radovi na temeljitoj obnovi zgrade započeli su tek 1996. godine za vrijeme ravnatelja Mirka Valentića. Nakon dugotrajnih i često mukotrpnih restauratorsko-konzervatorskih radova cjelokupna sanacija zgrade pod stručnim vodstvom tima Restauratorskog zavoda Hrvatske prema projektu Instituta građevinarstva Hrvatske napokon je dovršena 1999. godine. Uređenje vrta i otvaranje ulaza na Radićevu ulicu moralo je pričekati još desetak godina i završeno je tek nedavno (radovi su trajali od 2007. do 2009.). Preostaje još samo pričekati potpune uvjete za otvaranje zgrade široj javnosti kako bi palača sa svoje tri prekrasne dvorane i galerijom slika u njima postala dostupna svima zainteresiranima.

Palača je trenutno (od 2022.) u postupku konstruktivne i cjelovite obnove nakon potresa koji su pogodili Zagreb u ožujku i prosincu 2020. 

* Tekst o povijesti Palače najvećim je dijelom preuzet iz: Pola stoljeća prošlosti. Hrvatski institut za povijest (1961.-2011.), ur. Zdenko Radelić i Jasna Turkalj, (Zagreb: Hrvatski institut za povijest, 2011.), 187-189.