Istraživački rezultati i djelatnost Instituta prepoznata je i u široj znanstvenoj javnosti. Stoga su mnogi naši djelatnici često nagrađivani od strane različitih institucija i udruga koje prate znanstveni i istraživački rad unutar polja humanističkih znanosti. Slijedi popis dijela nagrađenih djelatnika instituta u posljednjih 15-ak godina. 

Godišnja nagrada Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti 

• 2019. Stjepan Matković​ 

• 2020. Miroslav Akmadža​ 

Državna nagrada za znanost ​ 

• 2006. Stjepan Matković  

• 2006. Mario Kevo​ 

• 2007. Lovorka Čoralić​ 

• 2008. Zlatko Kudelić​ 

• 2009. Tamara Tvrtković​ 

• 2012. Zrinka Pešorda Vardić​ 

• 2016. Ivana Hrobec  

• 2016. Josip Mihaljević​ 

• 2017. Ivica Lučić​ 

• 2018. Filip Novosel​ 

• 2019. Josip Parat​ 

• 2020. Miroslav Akmadža  

• 2020. Dinko Župan​ 
• 2023. Maja Katušić

Godišnja nagrada Društva sveučilišnih nastavnika i drugih znanstvenika ​ 

• 2011. Goran Mladineo​ 

• 2016. Josip Mihaljević​ 

Nagrade Hrvatskog nacionalnog odbora za povijesne znanosti i Društva za hrvatsku povjesnicu​ 

• 2015. Marica Karakaš (Mirjana Gross)​ 

• 2017. Davor Marijan (Mirjana Gross)​ 

• 2018. Robert Skenderović (Mirjana Gross)​ 

• 2019. Ivana Horbec (Mirjana Gross)  

• 2019. Josip Mihaljević (Vjekoslav Klaić)​ 

• 2020. Zdenko Radelić (Mirjana Gross)  

• 2020. Projekt COURAGE (Vjekoslav Klaić)​
• 2021. Zdenko Radelić (Ivan Lučić)
• 2022. Ana Rajković Pejić (Vjekoslav Klaić) 
• 2023. Tomislav Matić (Vjekoslav Klaić)

Nagrada Grada Splita​ 

• 2019. Stjepan Matković​ 

Grb grada Slavonskog Broda​ 

• 2018. Robert Skenderović​ 

Nagrada Emerik Pavić (Zavod za kulturu vojvođanskih Hrvata)​ 

• 2018. Robert Skenderović​ 

Plaketa „Matija Petar Katančić”​ (Grad Valpovo) 

• 2019. Dinko Župan