Istraživački rezultati i djelatnost Instituta prepoznata je i u široj znanstvenoj javnosti. Stoga su mnogi naši djelatnici često nagrađivani od strane različitih institucija i udruga koje prate znanstveni i istraživački rad unutar polja humanističkih znanosti. Slijedi popis dijela nagrađenih djelatnika instituta u posljednjih 15-ak godina. 

Godišnja nagrada Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti 

• 2019. Stjepan Matković 

• 2020. Miroslav Akmadža 

Državna nagrada za znanost  

• 2006. Stjepan Matković  

• 2006. Mario Kevo 

• 2007. Lovorka Čoralić 

• 2008. Zlatko Kudelić 

• 2009. Tamara Tvrtković 

• 2012. Zrinka Pešorda Vardić 

• 2016. Ivana Hrobec  

• 2016. Josip Mihaljević 

• 2017. Ivica Lučić 

• 2018. Filip Novosel 

• 2019. Josip Parat 

• 2020. Miroslav Akmadža  

• 2020. Dinko Župan 
• 2023. Maja Katušić
• 2024. Josip Mihaljević i Gordan Ravančić

Godišnja nagrada Društva sveučilišnih nastavnika i drugih znanstvenika  

• 2011. Goran Mladineo 

• 2016. Josip Mihaljević

Nagrade Hrvatskog nacionalnog odbora za povijesne znanosti i Društva za hrvatsku povjesnicu 

• 2015. Marica Karakaš (Mirjana Gross) 

• 2017. Davor Marijan (Mirjana Gross) 

• 2018. Robert Skenderović (Mirjana Gross) 

• 2019. Ivana Horbec (Mirjana Gross)  

• 2019. Josip Mihaljević (Vjekoslav Klaić) 

• 2020. Zdenko Radelić (Mirjana Gross)  

• 2020. Projekt COURAGE (Vjekoslav Klaić)
• 2021. Zdenko Radelić (Ivan Lučić)
• 2022. Ana Rajković Pejić (Vjekoslav Klaić) 
• 2023. Tomislav Matić (Vjekoslav Klaić)
• 2024. Lovorka Čoralić, Filip Novosel i Ante Bećir (Tadija Smičiklas)
• 2024. Davor Marijan (Mirjana Gross)
• 2024. Vijoleta Herman Kaurić (Vjekoslav Klaić)
• 2025. Juraj Balić (Mirjana Gross)
• 2025. Gordan Ravančić (Tadija Smičiklas) 

Nagrada Grada Splita 

• 2019. Stjepan Matković 

Grb grada Slavonskog Broda 

• 2018. Robert Skenderović 

Nagrada Emerik Pavić (Zavod za kulturu vojvođanskih Hrvata) 

• 2018. Robert Skenderović 

Plaketa „Matija Petar Katančić” (Grad Valpovo) 

• 2019. Dinko Župan