Sukladno misiji Hrvatskog instituta za povijest, Strateškom planu Instituta, te činjenici da se povijesni razvoj hrvatskog naroda dovijao u dodirima i suživotu s drugim susjednim narodima, Hrvatski institut za povijest zbog potrebe provedbe temeljnih istraživanja povijesti hrvatskog naroda svoju znanstveno-istraživačku zadaću obavlja i u suradnji s različitim znanstveno-istraživačkim institucijama u Republici Hrvatskoj i onima u inozemstvu. Dio tih suradnji je formaliziran putem ugovora o znanstveno-istraživačkoj suradnji.

Institucije iz Republike Hrvatske s kojima intenzivno surađujemo su sljedeće:

• Hrvatsko katoličko sveučilište, Odjel za povijest​

• Filozofski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Odsjek za povijest

• Fakultet hrvatskih studija Sveučilišta u Zagrebu, Odsjek za povijest

• Filozofski fakultet Sveučilišta u Splitu, Odsjek za povijest

• Odjel za povijest Sveučilišta u Zadru

• Filozofski fakultet Sveučilišta J. J. Strossmayera u Osijeku, Odsjek za povijest

• Institut društvenih znanosti Ivo Pilar

• Institut za povijest umjetnosti

• Staroslavenski institut

• Hrvatski memorijalno dokumentacijski centar Domovinskog rata​

• Hrvatski državni arhiv

• Hrvatski povijesni muzej

• Matica hrvatska​

• Agencija za odgoj i obrazovanje RH

Institucije iz Republike Hrvatske s kojima intenzivno surađujemo su sljedeće:

• Povijesni institut Centra za humanistiku Mađarske akademije znanosti – Mađarska

• Študijski center za narodno spravo iz Ljubljane – Slovenija

• Filozofski fakultet Sveučilišta u Mostaru – Bosna i Hercegovina​

• Institut za novejšo zgodovino iz Ljubljane – Slovenija ​

Znanstveno-raziskovalni centar Milko Kos Slovenske akademije znanosti – Slovenija ​

• Institut za suvremenu istoriju – Srbija ​

• Institut za noviju istoriju – Srbija  ​

• Filozofski fakultet Univerziteta Crne Gore – Crna gora

• Istorijski institut Crne Gore u Podgorici – Crna Gora ​

• Odjel za humanistiku Sveučilišta Ca’ Foscari u Veneciji – Italija​

• Institut za nacionalnu istoriju iz Skopja – Makedonija ‏​