Znanstveni odjeli Instituta i Podružnica temeljne su unutarnje ustrojbene jedinice znanstvene djelatnosti u Institutu. Znanstveni odjeli i Podružnica organiziraju i izvode znanstveni i visokostručni rad u području povijesne znanosti.

U sklopu znanstvenog odjela znanstvena djelatnost obavlja se ponajprije putem znanstvenih projekata na kojima su angažirani znanstvenici i suradnici  Instituta. 

Djelatnost znanstvenog odjela izvodi se i: 

• organiziranjem i koordinacijom znanstvenih projekata; 

• organiziranjem i sudjelovanjem u radu kolaborativnih programa; 

• organiziranjem i pripremanjem prijava na natječaj za financiranje znanstvenih projekata i kolaborativnih programa; 

• vođenjem sustavne brige o potrebama za znanstvenom infrastrukturom i opremom; 

• organiziranjem znanstvenih i stručnih skupova; 

• vođenjem poslova bibliotečne, dokumentacijske i informacijske službe za potrebe znanstvenika i suradnika na znanstvenom odjelu; 

• pripremom za izdavanje znanstvenih i stručnih periodičnih publikacija u svezi s rezultatima rada na znanstvenim projektima; 

• pripremom za izdavanje znanstvenih i stručnih knjiga i monografija; 

• davanjem ekspertiza i stručnih mišljenja. 

U Institutu su ustrojeni sljedeći Znanstveni odjeli i Podružnica:

• Znanstveni odjel za srednjovjekovnu povijest
• Znanstveni odjel za ranonovovjekovnu povijest
• Znanstveni odjel za modernu povijest
• Znanstveni odjel za suvremenu povijest
• Znanstveni odjel za povijesne izvore i digitalnu povijest
• Podružnica za povijest Slavonije, Srijema i Baranje predstavlja znanstveni odjel sa sjedištem u Slavonskom Brodu.