Dostupni podaci govore da je Zvonko Brkić, tadašnji izvršni sekretar CK SKH, predložio general-majoru JNA Franji Tuđmanu da kao direktor organizira Institut. Očito u koordiniranom djelovanju s vrhom SKH, Anka Berus, predsjednica Komisije za historiju CK SKH, i Ankica Magašić, predsjednica Savjeta za kulturu i tajnica Komisije za historiju CK SKH, odobrile su imenovanje Franje Tuđmana te je 23. prosinca 1960. Zvonko Brkić i službeno ponudio Tuđmanu mjesto ravnatelja. Na kraju, odlukom o osnivanju Instituta osnivači su imenovali 12 članova prvoga Savjeta, a za ravnatelja su imenovali Franju Tuđmana.

Osnivači su se pozivali na Zakon o organizaciji naučnog rada iz 1957. objavljen u Službenom listu FNRJ. Institut je preuzeo sva prava i obveze dotadašnjega Arhiva za historiju radničkog pokreta u Zagrebu. Određeno je da Institut započne s radom 1. listopada 1961. godine, što je i datum njegova osnivanja. Upisan je u registar znanstvenih ustanova 28. listopada 1961. pod nazivom Institut za historiju radničkog pokreta. Nekoliko je mjeseci Institut bio smješten u Opatičkoj ulici 8 na Gornjem gradu u Zagrebu, u zgradi koju je dotada koristio Arhiv za historiju radničkog pokreta, da bi se 1962. preselio u susjednu zgradu u Opatičkoj 10.

 Osnivanje Instituta bio je prvi organizirani pokušaj da se istraživanje povijesti radničkog pokreta u Hrvatskoj postavi na znanstvene temelje. Međutim, s obzirom na osnivače, uz zadovoljavanje znanstvenih i stručnih potreba teško je bilo izbjeći i zadovoljavanje političke i ideološke potrebe osnivača.  

Institutom su prema njegovim Pravilima iz 1962. upravljali Savjet, Uprava i ravnatelj. Uz Savjet je bila i Uprava Instituta koja je imala sedam do jedanaest članova. Sačinjavali su je ravnatelj, pomoćnici ravnatelja i članovi koje bira kolektiv iz svojih redova. Uprava je donosila pravilnike, rješavala financijska pitanja, raspravljala o planovima rada i izvještajima o radu. Prema Statutu ravnatelj je morao biti istaknuti “naučni ili politički radnik”. Postavljali su ga osnivači na prijedlog Savjeta Instituta. Osim toga, postojali su i Znanstveno vijeće od trinaest članova i Urednički odbor Putova revolucije od sedam članova.

Od svog utemeljenja 1961. godine Institut je postao središnja historiografska institucija u Hrvatskoj zadužena za istraživanje novijeg razdoblja hrvatske povijesti, točnije za onaj dio koji je povezan s razvojem radničkog sloja, socijalističke misli te socijaldemokratskih i komunističkih stranaka. Osim u novoosnovanom Institutu povjesničari koji su se bavili znanstvenim istraživanjima u Hrvatskoj bili su okupljeni u Jugoslavenskoj akademiji znanosti i umjetnosti (JAZU), Staroslavenskom institutu i na Filozofskom fakultetu u Sveučilišta u Zagrebu te Filozofskom fakultetu u Zadru. Dakako, pojedinci su djelovali i u drugim institutima humanističkog i društvenog usmjerenja, napose arhivima i muzejima.

Prva promjena institutskog imena obavljena je 1965., kad je Institut za historiju radničkog pokreta preimenovan u Institut za historiju radničkog pokreta Hrvatske (IHRPH). Očito, trebalo je u nazivu naglasiti ne samo da je riječ o institutu, i to o historiografskom institutu koji se bavi poviješću radničkog pokreta, nego da je njegovo istraživanje vezano uglavnom za Hrvatsku i hrvatske teme.

No tumačenje povijesti koje su nudili Tuđman i neki suradnici Instituta nije se podudaralo s dotadašnjim tumačenjima o povijesti partizanskog pokreta i komunističke revolucije. F. Tuđman, s potporom nekoliko svojih suradnika, razilazio se u nekoliko bitnih historiografskih pitanja s vodstvom SKH te nekoliko povjesničara izvan Instituta. Poslije se otvorilo i pitanje stradalih u logoru Jasenovac. U listopadu 1965. Tuđman je poslao elaborat Komisiji za historiju CK SKH, što je po njegovim riječima došlo do generala Ivana Gošnjaka i Josipa Broza Tita, i upozorio na nevjerojatnu brojku od 600 000 do 800 000 ubijenih.

U vrijeme Tuđmanova vodstva u Institutu se raspravljalo o doprinosu Hrvatske, hrvatskih komunista u partizanskom pokretu i odbacila odgovornost Hrvata za poraz Kraljevine Jugoslavije 1941., ali tada, dakako, još nije bilo otvoreno pitanje Andrije Hebranga ili masovnih smaknuća dužnosnika i vojnika NDH te progona političkih protivnika nakon rata.

U travnju 1965. Vladimir Bakarić je Tuđmana i neke članove Instituta napao kao nacionaliste. Komisija koja je sastavljena da ocijeni njihov rad sastala se 2. srpnja 1965. i kaznila Tuđmana strogim ukorom. Međutim, nakon što je i 1967. ocijenjeno da je nastavio sa svojom politikom, u travnju iste godine napao ga je CK SKH i njegovo Predsjedništvo, a Vijeće Instituta zahtijevalo je od Tuđmana ostavku. Pritisnut za svih strana, Tuđman je 7. travnja 1967. dao ostavku na mjesto ravnatelja.

Ako treba u najkraćim crtama opisati djelatnost Franje Tuđmana na čelu Instituta, moglo bi se reći da je bio uvjeren da je uloga Instituta promicanje “hrvatskog tumačenja” novije povijesti jer je smatrao da je historiografija sredstvo političke djelatnosti. Političarima je bio sumnjiv kao nacionalist, a povjesničarima kao čovjek koji koristi historiografiju u političke svrhe.

Nakon nekoliko mjeseci, 14. srpnja 1967., Savjet Instituta izabrao je na prijedlog osnivača novog ravnatelja Dušana Bilandžića. Novi je ravnatelj odmah reorganizirao Institut, što je za posljedicu imalo smanjenje broja zaposlenih. Neki su otišli zbog političkih, a neki zbog materijalnih razloga. Nakon dvije godine Bilandžić 30. rujna 1969. podnosi ostavku i odlazi za ravnatelja Centra za društvena istraživanja Predsjedništva SKJ u Beogradu. Za vršitelja dužnosti ravnatelja 1. listopada 1969. izabran je Zlatko Čepo, dotadašnji vršitelj dužnosti tajnika Instituta, s time da je i dalje obavljao dužnost tajnika. Za ravnatelja je izabran 24. listopada 1972. godine. Ako faze računamo prema ravnateljima, sa Zlatkom Čepom počinje treća faza Instituta. S obzirom na to da stanje još uvijek nije bilo sređeno, Institutu su potporu ponudile i društveno-političke organizacije. Međutim, unatoč iskazanim željama Institut je zapao u financijsku krizu. Osim financijskih problema Institut je mučilo i to što se njegovi osnivači nisu pridržavali statutarnih odredbi i obveza, čime su ugrožavali njegovo poslovanje. Unatoč svim apelima financijska se kriza nastavila, a broj zaposlenih i dalje je padao.

Međutim, nasuprot teškoćama i s manjim brojem istraživača i reduciranim programom ustrajavalo se na ambicioznim planovima. Osim što se predvidjela suradnja s regionalnim institutima sličnih usmjerenja, poput Historijskog instituta Slavonije iz Slavonskog Broda, Instituta za historiju radničkog pokreta Dalmacije u Splitu i Centra za historiju radničkog pokreta u Rijeci, tješnja suradnja predvidjela se i s odjelima za povijest filozofskih fakulteta u Zagrebu i Zadru, Sjevernodalmatinskim institutom JAZU, Jadranskim institutom u Zagrebu, ali i Institutom za savremenu istoriju iz Beograda.

Uz početke 1970-ih vežu se i prvi tragovi ideja o pretvaranju Instituta od instituta za klasnu povijest prema institutu za nacionalnu povijest. Dakako, koncepcija Instituta sadržajno je od samih početaka bila shvaćena u tom širem smislu, ali do tada nije bilo prijedloga da se Institut i formalno pretvori u institut za nacionalnu povijest. Nakon kadrovske čistke za to je bilo još manje mogućnosti, ali je očito u društvu stvoreno takvo ozračje da se prvi put izrazi potreba za institutom u kojem bi u nazivu nacionalna komponenta zamijenila klasnu. Ipak, ideja o promjeni naziva nakon smjenjivanja vodstva SKH na čelu sa Savkom Dabčević Kučar nije se spominjala sve do promjene imena u Institut za suvremenu povijest 1990. godine.

Dvije godine nakon ukidanja časopisa Putovi revolucije (1964.–1967.), 1969. pokrenut je Časopis za suvremenu povijest. Početkom 1970-ih radikalno je smanjen program vanjske suradnje i raskinuti su mnogi ugovori kojima je predviđeno objavljivanje pedesetak knjiga. Institut se usmjerio prema suizdavaštvu ili je suradnicima dopušteno da objavljuju kod drugih izdavača.

Tematsku orijentaciju Instituta početkom 1980-ih djelomice otkriva broj suradnika po razdobljima: na razdoblju do 1918. godine bilo je pet suradnika, na razdoblju od 1918. do 1941. godine šest, na razdoblju od 1941. do 1945. godine jedanaest i na razdoblju od 1945. pet suradnika. Međutim, dopuna ovim podacima jest činjenica da je među šestero novozaposlenih u zadnjim godinama njih četvero primljeno u sekciju koja se bavila razdobljem nakon 1945., pa je obnovljena sekcija za “povijest razdoblja socijalističke izgradnje”. Uz redoviti Časopis za suvremenu povijest, 1982. pokrenuti su i Povijesni prilozi. Zapravo se planiralo izdavanje zbornika radova s većim radovima, poput magisterija, koji zbog opsega nisu mogli biti objavljeni u ČSP-u, i ta se ideja ubrzo pretvorila u pokretanje časopisa.

Jedan od problema, kako ga je vidjelo vodstvo Instituta, bilo je toleriranje osobnog izbora teme istraživanja, što je rezultiralo otporom pojedinaca da sudjeluju u pisanju zajedničkih knjiga, a to se opravdavalo obranom “slobode individualnog rada i napredovanja”.

Institut je 1981. obilježila nova afera. Naime, u jesen te godine Ivan Jelić podnio je ostavke na dužnosti predsjednika Znanstvenog vijeća i glavnog i odgovornog urednika Časopisa za suvremenu povijest. Ostavke je dao zbog napada Gradskog odbora Saveza udruženja boraca Narodnooslobodilačkog rata (SUBNOR) Hrvatske koji je 28. srpnja 1981. uputio protest Školskoj knjizi, izdavaču knjige Enciklopedija hrvatske povijesti i kulture objavljene 1980. godine. Reagirali su na Jelićeve tvrdnje u enciklopedijskoj jedinici “Koncentracioni logori” i “Teror okupatorsko-ustaške vladavine” da su u Jasenovcu stradali “deseci tisuća” osoba. Tvrdilo se da je riječ o “falsifikatima”, “reviziji temeljnih i ujedno najbolnijih činjenica iz vremena ustaško-nacističke strahovlade” koja ide “u prilog neprijateljskoj obrambeno-propagandnoj teoriji o krivici partizana za ratna stradanja” i “drskom činu prikrivanja ustaškog zločina nad zločinima”.

Unatoč svim nepogodama do polovice 1980.-ih Institut je izrastao u najveću ustanovu na području povijesnih znanosti u Hrvatskoj i Jugoslaviji postavši nosilac ili koordinator projekata u istraživanjima suvremene povijesti. U institutske planove i izvještaje uključivani su oni Historijskog instituta Slavonije i Baranje u Slavonskom Brodu (poslije Centra za društvena istraživanja Slavonije i Baranje), koji je sredinom 1980-ih donio odluku da će se integrirati s IHRPH-om, Instituta za historiju radničkog pokreta Dalmacije u Splitu i Centra za historiju radničkog pokreta i NOR Istre, Hrvatskog primorja i Gorskog kotara u Rijeci. Ti su instituti ili centri pokrivali isto područje rada s naglaskom na regionalnoj povijesti, a nisu bili registrirani kao znanstvene ustanove. Jedini regionalni historiografski centar koji nije bio uključen u rad na projektima Instituta bio je Centar za povijesna istraživanja u Rovinju, a on se bavio istraživanjem povijesti talijanske manjine.