Sukladno Zakonu, radi provedbe sustava unutarnjeg osiguravanja i unaprjeđivanja kvalitete Institut ustrojava ustrojstvenu jedinicu za osiguravanje i unaprjeđivanje kvalitete Instituta. Sustav unutarnjeg osiguravanja i unaprjeđivanja kvalitete Instituta pobliže se uređuje Pravilnikom o osiguranju kvalitete rada Hrvatskog instituta za povijest. Ustrojstvena jedinica za osiguravanje i unaprjeđivanje kvalitete Instituta podnosi godišnje izvješće Znanstvenom vijeću Instituta.