Institutom upravljaju Upravno vijeće i Ravnatelj. Upravno vijeće Instituta ima 5 članova. Natpolovičan broj članova Upravnog vijeća Instituta koji uključuje predsjednika i dva člana Upravnog vijeća Instituta imenuje Ministarstvo. Jednog člana Upravnog vijeća Instituta imenuje Znanstveno vijeće Instituta, a jedan član se imenuje ili bira iz reda zaposlenika Instituta putem radničkog vijeća Instituta. Mandat članova Upravnog vijeća Instituta traje četiri godine. Ako članu Upravnog vijeća Instituta prestane dužnost prije isteka mandata, novi član imenuje se do isteka mandata, u postupku propisanom Zakonom. 

Upravno vijeće Hrvatskog instituta za povijest čine: 

izv. prof. dr. sc. Ante Nazor, predsjednik Upravnog vijeća, Hrvatski memorijalno-dokumentacijski centar Domovinskog rata, Zagreb

dr. sc. Marija Karbić, znanstvena savjetnica, Hrvatski institut za povijest

dr. sc. Mario Jareb, znanstveni savjetnik, Hrvatski institut za povijest

Jelena Ilić Dreven, Ministarstvo znanosti, obrazovanja i mladih

mr. sc. Ilija Krstanović, Učenički dom Tina Ujevića

Kontakt: upravno.vijeće@hipzg.hr