Dr. sc. Josip Mihaljević viši je znanstveni suradnik i pomoćnik ravnatelja Hrvatskoga instituta za povijest u Zagrebu. U svojem znanstvenom radu bavi se suvremenom hrvatskom i jugoslavenskom poviješću 20. stoljeća, s posebnim naglaskom na položaj pojedinca, političku represiju i mehanizme komunističke vlasti, djelovanje službi državne sigurnosti (UDBA/SDS), političke procese, disidentstvo i totalitarne sustave.
Od listopada 2008. do lipnja 2009. godine radio je kao vanjski suradnik (istraživač) u Hrvatskom državnom arhivu u Zagrebu, od lipnja 2009. zaposlen je na Hrvatskom institutu za povijest. Godine 2016. izabran je u zvanje znanstvenoga suradnika, a godine 2022. u zvanje višeg znanstvenoga suradnika. Od 2010. do kraja 2016. bio je tajnik Časopisa za suvremenu povijest, u kojem je 2016. vršio i dužnost pomoćnika glavnog urednika. Član je uredništva četiri znanstvena časopisa: Pilar: časopis za društvene i humanističke studije, Međunarodne studije, Historijski zbornik i časopisa Hercegovina.
Od 2015. do 2017. bio je vanjskim suradnikom Hrvatskih studija Sveučilišta u Zagrebu, a od 2015. predaje na Hrvatskom katoličkom sveučilištu u Zagrebu. Godine 2017. izabran je u nastavno zvanje docenta, a 2025. u zvanje izvanrednog profesora.
Od 2016. autor je i voditelj emisije „Povijesne kontroverze” na Trećem programu Hrvatskoga radija za koju je 2019. nagrađen nagradom „Vjekoslav Klaić“ za popularizaciju povijesti.
Dosad je izlažući sudjelovao na tridesetak međunarodnih i domaćih znanstvenih skupova. Objavio je više od 40 znanstvenih i stručnih radova u domaćim i inozemnim časopisima, zbornicima i knjigama, preko 20 prikaza u znanstvenim časopisima, kreirao je više od 150 radijskih emisija posvećenih povijesti i povijesnoj znanosti. Također je bio scenarist dokumentarne serije Hrvatske radiotelevizije Hrvatsko proljeće 1971. (2021.). Autor je knjige Komunizam i čovjek: odnos vlasti i pojedinca u Hrvatskoj od 1958. do 1972. (Zagreb, 2016.) za koju je nagrađen Državnom nagradom za znanost za znanstvene novake te nagradom Društva sveučilišnih nastavnika i drugih znanstvenika u Zagrebu. Druga autorska knjiga objavljena je 2022. i nosi naslov Kako je operirala Udba? Operacija „Paromlin“ i sudbina Vinka Markovića (Zagreb – Vinkovci).
Član je Društva za hrvatsku povjesnicu i Hrvatskog nacionalnog odbora za povijesne znanosti.