Domagoj Knežević viši je znanstveni suradnik na Odjelu za suvremenu povijest. U svojem znanstvenom radu bavi se suvremenom hrvatskom poviješću 20. stoljeća, s posebnim naglaskom na istraživanje političke povijesti, odnosno raspada komunističke Jugoslavije i razdoblja Domovinskog rata. Od lipnja 2009. zaposlen je na Hrvatskom institutu za povijest kao znanstveni novak.

Doktorsku disertaciju pod nazivom “Hrvatska demokratska zajednica od osnivanja do raskida s Jugoslavijom” obranio je 2015. na Hrvatskim studijima Sveučilišta u Zagrebu. Od 2015. do 2019. zaposlen je kao viši asistent na Hrvatskom institutu za povijest. U naslovno zvanje znanstveni suradnik izabran sam 2017. godine. U travnju 2019. istekao mi je ugovor o radu na određeno u Hrvatskom institutu za povijest. U studenom 2019. zaposlen je u Ministarstvu vanjskih i europskih poslova RH. U veljači 2020. izabran je za posebnog savjetnika ministra vanjskih i europskih poslova Republike Hrvatske U veljači 2021. izabran je na radno mjesto znanstvenog suradnika na Hrvatskom institutu za povijest. Istovremeno, nastavio je po raznim zakonskim osnovama obnašati funkciju savjetnika ministra vanjskih i europskih poslova RH za pitanja BiH i država Zapadnog Balkana te pitanja vezana za suvremenu povijest, posebno Domovinskog rata.  U svibnju 2026. izabran je na Hrvatskom institutu za povijest na radno mjesto višeg znanstvenog suradnika

Sudjelovao je na brojnim znanstvenim i stručnim skupovima u Hrvatskoj i inozemstvu kao izlagač ili član organizacijskih odbora te je bio recenzent brojnih znanstvenih radova. Sudjelovao je u radu više znanstvenih i stručnih projekata. Član je Vijeća Diplomatske akademije MVEP RH i predavač na Diplomatskoj akademiji MVEP RH. Sudjelovao je u izradi ekspertiza i vještačenja za potrebe državnih i međunarodnih tijela, u radu povjerenstava za izbor u znanstvena i znanstveno nastavna zvanja te u drugim povjerenstvima, radnim tijelima i skupinama od važnosti za znanstvenu zajednicu u cjelini. Kao znanstvenik i stručni suradnik radio je na popularizaciji znanosti kroz pisanje popularno-znanstvenih članaka, kroz javne nastupe i brojne radio emisije te iznimno gledanih dokumentarnih TV emisija povijesne tematike (Rat protiv rata, Predsjednik, Diplomatska oluja, Hrvatsko proljeće, Priznanje Hrvatske, Vlada demokratskog jedinstva), a održao je također niz javnih predavanja i predstavljanja knjiga.