Izdavačku djelatnost Instituta obuhvaća objavljivanje znanstvenih monografija, zbornika radova i periodičnih publikacija.

• Biblioteka Hrvatska povjesnica (pokrenuta 1993.) i Bibliotheca Croatica: Slavonica, Sirminiensia et Baranyensia (pokrenuta 1996.) – objavljuju se monografije, studije, rasprave, kritički pripremljeno arhivsko gradivo, prijevodi, pretisci i bibliografije.

• Periodičke publikacije:
• Časopis za suvremenu povijest (izlazi od 1969. u Zagrebu) – 3 puta godišnje (indeksiran u bazama Web of Science i Scopus);
• Povijesni prilozi (izlazi od 1982. u Zagrebu) – 2 puta godišnje (indeksiran u bazi Scopus);
• Review of Croatian History (izlazi od 2005. u Zagrebu) – jednom godišnje (indeksiran u bazi Scopus);
• Scrinia Slavonica (izlazi od 2001. u Slavonskome Brodu) – jednom godišnje (indeksiran u bazi Scopus).
• Hercegovina (izlazi od 1981. tj. 2015. godine u Mostaru) – jednom godišnje (indeksiran u bazi Scopus). Časopis se objavljuje u suizdavaštvu s Filozofskim fakultetom Sveučilišta u Mostaru.

• Zbornici radova i zbornici s domaćih i međunarodnih znanstvenih skupova.